Các người Cnidos (Hy Lạp cổ) dưới quyền Pentathlos tới lập nghiệp trên đảo Lipara vào năm 580 trước Công nguyên. Họ định cư tại nơi ngày nay là ngôi làng Castello hoặc La Cittade. Họ đặt tên quần đảo theo tên vị thần gió Aeolus trong thần thoại Hy Lạp, người có lòng nhân từ. Bên ngoài Lipara, trên đường dẫn tới nghĩa trang, người ta đã phát hiện ra một nơi thờ nữ thần Demeter và nữ thần Persephone.

Năm 394 trước Công nguyên, các sứ giả La Mã gồm Lucius Valerius, Lucius Sergius, và Aulus Manlius đã đem một cái bát bằng vàng tới Delphi (Hy Lạp) làm quà tặng cho thần Apollo. Đoàn ngoại giao này đã bị các tên cướp biển Lipari bắt giữ, nhưng may mắn là họ đã được quan tòa Timasitheus bảo vệ và cho người dẫn đi tới Delphi. Việc này đã tạo ra quan hệ hòa bình giữa 2 nước Hy Lạp và La Mã cổ.[1]

Năm 260 trước Công nguyên, quần đảo này là nơi diễn ra Trận quần đảo Lipari giữa Đế quốc La Mã và thành Carthage.

Năm 1544, khi Tây Ban Nha tuyên chiến với Pháp, vua Pháp François I đã xin vua Suleiman I của Đế quốc Ottoman giúp đỡ. Vua Suleiman I đã gửi 1 hạm đội do Khair ad Din (cũng gọi là Barbarossa) chỉ huy đến giúp Pháp và đã chiến thắng quân Tây Ban Nha, và cũng giúp thu hồi lại đảo Napoli từ tay Tây Ban Nha. Trong thời gian chiến tranh này, quần đảo Eolie không có người cư ngụ. Sau này các dân từ đất liền của Ý, đảo Sicilia và người Tây Ban Nha đã tới tái định cư trên quần đảo này.